他の人は彼の前に顕微鏡を建設していましたが、Leeuwenhoekは当時非常に強力でした。彼はそれらを使用して、水、血液、さらには自分の歯のプラークなど、さまざまなサンプルを観察しました。これらのサンプルでは、彼は「動物cules」と呼ばれる小さな生き物を観察しました。これは、現在、細菌、原生動物、その他の微生物などの単一細胞の生物であることが知られています。
彼は微生物を観察した最初の人ではありませんでしたが、これらの「動物cules」のLeeuwenhoekの詳細な観察と綿密な説明は画期的であり、微生物学の基礎を確立するのに役立ちました。