水素結合のための分子の最も重要な特徴は、水素原子に結合した酸素、窒素、またはフッ素などの高感動性原子の存在です。この電気陰性原子は、水素原子の電子雲を引き付け、水素原子に部分的に正電荷を生成します。この部分的な正電荷は、別の電気陰性原子の部分的な負電荷と相互作用し、水素結合を形成することができます。