さらに、オブジェクトのコントラストは、光顕微鏡で見られるために十分に高くなければなりません。これは、オブジェクトの周囲との明るさや色が大幅に異なる必要があることを意味します。多くのオルガネラは、ミトコンドリアなど、細胞質と色がよく似ていることが多いなど、あまり対照的ではありません。
最後に、オブジェクトの厚さは、光顕微鏡下での視界にも影響を与える可能性があります。厚すぎるオブジェクトは、光を吸収したり散らしたりすることができ、見るのが難しくなります。多くのオルガネラは、小胞体など、厚さ数ナノメートルしかないような非常に薄いです。
これらのすべての理由で、一部のオルガネラは光学顕微鏡を使用してはっきりと見ることができません。ただし、電子顕微鏡や蛍光顕微鏡など、これらのオルガネラを視覚化するために使用できる他の技術があります。
