主な違い RNA Seq とマイクロアレイの違いは、RNA Seq (RNA シーケンシング) では新しい RNA と RNA バリアントを分析できるのに対し、マイクロアレイでは既知の RNA プローブを使用してトランスクリプトームを分析できることです。 .さらに、マイクロアレイがハイブリダイゼーションに基づいているのに対し、RNA Seq は配列決定に基づく技術です。
RNA Seq とマイクロアレイは、トランスクリプトームの分析に使用される 2 つの技術です。 、生物の表現された総 mRNA です。それらは、定義された細胞段階で形成された RNA 分子のタイプを決定することを可能にします。
対象となる主な分野
1. RNA配列とは
– 定義、プロセス、重要性
2.マイクロアレイとは
– 定義、プロセス、重要性
3. RNA Seq とマイクロアレイの類似点は何ですか
– 共通機能の概要
4. RNA Seq とマイクロアレイの違いは何ですか
– 主な違いの比較
主な用語
遺伝子発現解析、ハイブリダイゼーション、マイクロアレイ、RNA Seq、シーケンシング 
RNA Seqとは
RNA Seq (RNA シーケンス) は、サンプル中の RNA 分子の配列を決定する技術です。 RNA Seq には、cDNA 分子のハイスループット ショットガン シーケンスが含まれます。 cDNAは、RNA分子の逆転写から得られます。次世代シーケンシングでは、cDNA の配列を決定します。 RNA Seq により、RNA 配列とその相対的存在量を決定できます。
図 1:RNA Seq プロセス
RNA Seq は、幅広い感度を持つ信頼性の高い手法です。したがって、希少で少量の RNA 配列を検出できます。 RNA Seq のユニークな特徴は、新規 RNA 配列とスプライシング バリアントを識別できることです。
マイクロアレイとは
マイクロアレイは、特定の生物の遺伝子発現を分析するために広く使用されている技術です。これは、サンプル中の RNA 分子とハイブリダイズする定義済みのプローブを使用します。一本鎖プローブは、蛍光標識 RNA サンプルがハイブリダイズするチップとして知られる固体表面に結合します。ゲノム配列決定データは、プローブの設計に使用できます。
図 2:マイクロアレイ プロセス
迅速かつ簡単な実験のために、マイクロアレイは遺伝子発現解析の最良の技術です。しかし、プローブは、スプライシング バリアントも検出できるように設計する必要があります。
RNA Seq とマイクロアレイの類似点
- RNA Seq とマイクロアレイは、遺伝子発現解析で使用される 2 つの技術です。
- 特定の時間にサンプルに存在する RNA 分子の種類を検出できます。
- それらは RNA 配列に依存します。
- どちらの手法でも、サンプル中の RNA の一次配列と相対的存在量を決定できます。
- 両方の技の再現性が高い。
RNA Seq とマイクロアレイの違い
定義
RNA Seq は、サンプル中の RNA 配列を検出する配列決定ベースの技術を指し、マイクロアレイは、特定の RNA 配列の存在を検出するために使用されるハイブリダイゼーション ベースの技術を指します。サンプル内。
に基づく
RNA Seq は配列決定ベースの技術であり、マイクロアレイは既存のプローブを用いて行われるハイブリダイゼーション ベースの技術です。
新しい配列の特定
RNA Seq はサンプルに存在する新しい RNA 配列を特定できますが、マイクロアレイは既知の配列しか特定できません。
感度
RNA Seq の感度は高く、マイクロアレイの感度は比較的低いです。
精度
RNA Seq データの精度は高く、マイクロアレイ データの精度は比較的低いです。
SNP 検出
RNA Seq は、存在量の少ない RNA の de novo SNP を除く SNP を識別できますが、マイクロアレイでは SNP を検出できません。
費用
RNA Seq は高価です ($300-$1000/サンプル)。これは、マイクロアレイの方が安価です ($100-200/サンプル).
結論
RNA Seq は、トランスクリプトームに存在する RNA 配列を決定するために使用される配列決定ベースの技術であり、マイクロアレイは特定のプローブを使用してトランスクリプトーム内の特定の配列の存在を検出します。マイクロ アレイは、任意の新規 RNA シーケンスだけでなく、少量の RNA シーケンスを検出できません。しかし、RNA Seq では、サンプル内のすべての RNA 配列を特定できます。したがって、RNA Seq とマイクロアレイの主な違いは検出の種類です。
参照:
1. ククルバ、キンバリー R.、スティーブン B. モンゴメリー。 「RNAシーケンシングと分析」。コールド スプリング ハーバー プロトコル 2015.11 (2015):951–969。 PMC。ウェブ。 2018 年 7 月 3 日、こちらから入手可能
2. Govindarajan、Rajeshwar 他。 「マイクロアレイとその応用」。 Journal of Pharmacy &Bioallied Sciences 4.Suppl 2 (2012):S310–S312。 PMC。ウェブ。 2018 年 7 月 3 日、こちらから入手可能
画像提供:
1.「RNA-Seq の概要」Thomas Shafee 著 – 自作 (CC BY 4.0) Commons Wikimedia 経由
2. 「RNA マイクロアレイの概要」Thomas Shafee 著 – 自作 (CC BY 4.0) Commons Wikimedia 経由
