主な違い STBR Green と Taqman の違いは、SYBR green は、PCR 反応中に蓄積された PCR 産物を検出するために使用される dsDNA 結合色素であり、 タックマン は 蛍光発生 PCR中に蓄積する標的遺伝子に特異的なプローブ。 さらに、SYBR Green の特異性は中程度ですが、Taqman の特異性は高くなっています。さらに、SYBR Green の再現性も中程度ですが、Taqman の再現性は高いです。
SYBR Green と Taqman は、リアルタイム PCR 手順で PCR 産物を検出するために使用される 2 つの化学物質です。
対象となる主な分野
1. SYBR グリーンとは
– 定義、化学、重要性
2. タックマンとは
– 定義、化学、重要性
3. SYBR Green と Taqman の類似点は何ですか
– 共通機能の概要
4. SYBR Green と Taqman の違いは何ですか
– 主な相違点の比較
主な用語
製品の検出、リアルタイム PCR、SYBR グリーン、Taqman プローブ
SYBR グリーンとは
SYBR Green は、分子生物学で DNA および RNA を染色するために使用される dsDNA 結合色素です。一般的には、リアルタイム PCR の産物の検出にも使用されます。 PCR の進行中、SYBR green は新たに増幅する各 PCR 産物に結合します。したがって、PCR の最後に形成される生成物の量は、サンプルの蛍光強度に比例します。
図 1:SYBR グリーン ケミストリー
さらに、SYBR Green の主な利点は、あらゆる二本鎖 DNA 配列の増幅をモニタリングできることです。しかし、これは一方で、偽陽性シグナルを生成することにより、アッセイの特異性を低下させます。プローブの使用を排除することで、アッセイのコストを削減します。さらに、SYBR Green の使用は技術的に簡単なプロセスです。一方、複数の色素が 1 つの PCR 産物に結合すると、検出感度が向上します。
Taqman とは
Taqman は、蛍光標識されたプローブであり、リアルタイム PCR でターゲットの PCR 産物に特異的に結合します。したがって、特定の PCR アッセイを検出するには、特定のプローブを設計する必要があります。したがって、Taqman プローブの主な利点は、ターゲット特異的なハイブリダイゼーションです。さらに、異なる識別可能なレポーター色素で標識されたプローブを使用すると、1 つの反応チューブで 2 つの異なる配列を検出できます。
図 2:Taqman プローブのケミストリー
一般に、Taqman プローブは、5' 末端に蛍光レポーター色素、3' 末端にクエンチャー色素を有するオリゴヌクレオチド プローブです。プローブが無傷の場合、クエンチャー色素が近接しているため、蛍光共鳴エネルギー移動 (FRET) によってレポーター色素から放出される蛍光が大幅に減少します。ただし、プローブがプライマー部位の 1 つから下流のターゲット配列にアニールすると、Taq の 5' ヌクレアーゼ活性が失われます。 DNAポリメラーゼは、プライマー伸長中にプローブの5'末端を切断します。したがって、これによりレポーター色素がクエンチャー色素から分離され、レポーター色素シグナルが増加します。
SYBR Green と Taqman の類似点
- SYBR Green と Taqman は、リアルタイム PCR における PCR 産物の検出。
- 両方とも、リアルタイムベース。
- さらに、PCR の定量化に役立ちます。各 PCR サイクルで生成されます。
- これらは遺伝子発現解析にとって重要です。 DNA定量、ChiP（クロマチン免疫沈降）など
SYBR Green と Taqman の違い
定義
SYBR Green は分子生物学で核酸染色として使用される非対称シアニン色素を指し、Taqman は定量的 PCR の特異性を高めるように設計されたプローブを指します。
意義
さらに、SYBR green は、PCR 反応中に蓄積する PCR 産物を検出するために使用される dsDNA 結合色素であり、Taqman は、PCR 中に蓄積する標的遺伝子に特異的な蛍光プローブです。したがって、これが SYBR Green と Taqman の主な違いです。
検出の種類
また、SYBR Green は配列特異性のないリアルタイム PCR 産物の検出に使用できますが、Taqman プローブは配列特異的な方法で PCR 産物のみを検出します。
デザイン
SYBR Green は事前に設計する必要はありませんが、Taqman は特定の PCR 産物の検出のために事前に設計する必要があります。
最適化
さらに、SYBR Green は特定のリアルタイム PCR 用に最適化する必要がありますが、Taqman は最適化する必要はありません。
特異性
SYBR Green と Taqman のもう 1 つの違いは、SYBR Green の特異性が中程度であるのに対し、Taqman の特異性が高いことです。
感度
SYBR Green の感度は可変ですが、Taqman の感度は最大 1 ～ 10 コピーです。
PCR阻害
SYBR Green は PCR 反応をある程度阻害できますが、Taqman は PCR 反応を阻害しません。
再現性
Taqman の再現性が高いのに対し、SYBR Green の再現性も中程度です。
多重化
さらに、SYBR Green は多重化には使用できませんが、Taqman は同じサンプルで複数の PCR 産物を検出できます。
アプリケーション
SYBR Green は遺伝子発現解析、病原体検出における DNA 定量などに重要ですが、Taqman は SNP ジェノタイピング、変異などのコピー数変動の検出、タンパク質解析に重要です。など
結論
簡単に言うと、SYBR Green は、リアルタイム PCR で PCR 産物を検出するために使用される dsDNA 結合色素です。通常、サンプル中のすべての PCR 産物に非特異的に結合します。したがって、その特異性は中程度です。一方、Taqman は蛍光標識されたプローブであり、サンプル中の特定の PCR 産物に特異的に結合します。したがって、これらのプローブは、サンプルの種類によって異なります。さらに、これはアッセイに高い特異性を与えます。したがって、SYBR Green と Taqman の主な違いは、その化学的性質と利点です。
参考文献:
1. 「TaqMan vs SYBR ケミストリー」。 サーモフィッシャーサイエンティフィック 、Thermo Fisher Scientific – 米国、こちらから入手可能。
画像提供:
1. 「SYBR green を使用した PCR」 By –Ygonaar 2006 年 3 月 7 日 23:09 (UTC) – これは Ygonaar が Powerpoint (CC BY-SA 3.0) を使用して Commons Wikimedia 経由で作成したグラフです。
2.ユーザーによる「Taqman」:Braindamaged – コモンズ ウィキメディア経由の元のアップロード者 (パブリック ドメイン) による自身の作品
