Spatial Transcriptomicsは、研究者が空間的関係を維持しながら、組織サンプル内の細胞の遺伝子発現を測定できるようにする新しい技術です。このデータは、組織のマップを作成するために使用でき、各細胞でどの遺伝子が発現し、どの遺伝子が互いに組織化されているかを示します。
Tissuemapperは、この空間情報を使用して、細胞とその隣人との相互作用を推測します。アルゴリズムは、まず、類似の遺伝子を発現している細胞のクラスターを識別します。次に、これらのクラスターを使用して、相互作用のネットワークを作成し、セルがどのように互いに接続されているかを示します。
研究者は、皮膚、脳、心臓など、いくつかの異なる組織サンプルでTissuemapperをテストしました。アルゴリズムは、各組織の細胞間の相互作用を正確に識別し、組織が異なる刺激にどのように反応するかを予測することができました。
「Tissuemapperは、組織がどのように組織化され、どのように機能するかを理解するために使用できる強力な新しいツールです」と、UCSFの研究者であり、Tissuemapperの開発者の1人であるAlex Pollen博士は述べています。 「この情報は、特定の細胞タイプまたは相互作用を標的とする新薬や治療法を開発するために使用できます。」
この研究は、Journal Nature Methodsに掲載されました。
