1。DNAメチル化：DNAメチル化は、CpGジヌクレオチド内のシトシンヌクレオチドにメチル基を添加する化学修飾です。特に遺伝子プロモーターの近くにあるCPG島内での高レベルのDNAメチル化は、PTFの結合を防ぎ、遺伝子発現を妨げる可能性があります。逆に、DNA脱メチル化または低メチル化は、よりアクセスしやすいクロマチン領域を作成し、PTF結合を促進する可能性があります。
2。ヒストン修飾：ヒストンは、クロマチンの基本単位であるヌクレオソームを形成するためにDNAをラップするタンパク質です。アセチル化、メチル化、リン酸化、ユビキチン化などのさまざまなヒストン修飾は、クロマチン構造を変化させ、PTF結合に影響を与える可能性があります。たとえば、ヒストンのアセチル化は一般にクロマチン構造を緩め、PTFにアクセスしやすくしますが、特定のヒストンメチル化マークは、特定の修飾に応じてPTF結合を促進または抑制することができます。
3。ヌクレオソームの位置決め：DNAに沿ったヌクレオソームの位置と密度は、PTF結合に影響を与える可能性があります。密に詰め込まれたヌクレオソーム（ヘテロクロマチン）の領域はPTFにはあまりアクセスしませんが、密度が低いまたは改造されたヌクレオソーム（エウクロマチン）の領域はよりアクセスしやすいです。ヌクレオソームの位置と密度の変化は、ATP依存性クロマチンリモデリング複合体とヒストン修飾の影響を受ける可能性があります。
4。非コーディングRNA：マイクロRNA（miRNA）や長い非コードRNA（lncrNA）などの非コーディングRNA（ncrNA）も、PTF結合に影響を与える可能性があります。一部のNCRNAは、PTFSに直接結合し、アクティビティまたはローカリゼーションを変調できます。さらに、NCRNAは、DNAおよびタンパク質と相互作用することによりクロマチン構造に影響を与える可能性があり、それによりPTF結合部位のアクセシビリティに影響します。
エピジェネティックな景観がPTF結合にどのように影響するかを理解することは、遺伝子調節ネットワークと発達、分化、および疾患の根底にある細胞プロセスを解読するために重要です。エピジェネティックな修飾とクロマチン構造を操作することにより、研究者はPTFSの結合を潜在的に調節し、遺伝子発現を制御することができ、治療的介入の新しい手段を提供します。
