RNAシーケンスは、研究者が生物学的サンプルの遺伝子の発現レベルをプロファイルできるようにする分子生物学で広く使用されている技術です。ただし、RNA-seqデータの正確な解釈は、プロセス中に発生する可能性のあるさまざまなバイアスのために困難な場合があります。
これらのバイアスは、シーケンスの組成や化学的修飾など、RNA分子の固有の特性、およびライブラリの準備とシーケンスの方法論に関連する技術的要因に由来します。その結果、特定のRNA配列は、RNA-seqプロセス中に優先的に増幅または抑制される可能性があり、遺伝子発現測定が不正確になります。
この問題に対処するために、UCサンディエゴの研究者は、複数のソースからのデータを統合してRNA配列バイアスの包括的な理解を提供するオンラインプラットフォームであるOrionを開発しました。このツールにより、ユーザーはこれらのバイアスの遺伝子発現パターンに対する潜在的な効果を調査し、これらのバイアスに特に影響を受けやすいRNA配列の領域を特定できます。
研究者は、健康細胞と癌細胞の両方からRNA-seqデータを分析することにより、Orionの有用性を実証しました。彼らは、オリオンが変異または環境条件の変化によりバイアスされたRNA配列の領域を効果的に特定できることを発見し、それによりRNA-seqデータのより正確な解釈を可能にします。
さらに、Orionは、研究者がバイアスの影響を受けにくいRNA配列領域を示唆し、より信頼性が高く再現可能な遺伝子発現測定につながることにより、RNA-seq実験設計を最適化するのに役立ちます。
全体として、Orionポータルは、RNA-seqを使用して遺伝子発現を研究する研究者に貴重なリソースを提供します。このツールは、RNA配列バイアスの影響についての理解を深めることに貢献し、RNA-seqデータのより正確で信頼できる分析を可能にします。
