外膜： 大腸菌の外膜は、胃酸に対する物理的障壁として機能するリポ多糖層で構成されています。
Efflux Pumps： 大腸菌には、細胞質内に中性pHを維持し、細胞からプロトン（h+）をポンピングできるようにする流出ポンプが含まれています。陽子の流出は、細菌の周りにアルカリ微小環境を作り出し、酸の損傷から保護します。
pH恒常性： 大腸菌は、pH恒常性の維持に関与するタンパク質をコードする酸耐性遺伝子を持っています。これらのタンパク質は、内部pHを調節し、細胞質の酸性化を防ぐことにより、細菌が低pH環境に適応するのに役立ちます。このシステムは、グルタミン酸やアルギニンなどの特定の溶質の取り込みを調節して、内部pHを緩衝します。
バイオフィルム層： 場合によっては、大腸菌はバイオフィルムを形成できます。これは、表面で成長する細菌の保護コミュニティです。バイオフィルムは、バイオフィルムによって生成される細胞外マトリックスが酸浸透に対する障壁として作用するため、バイオフィルムは個々の細菌細胞と比較して胃酸に対してより耐性があります。
これらのメカニズムを採用することにより、大腸菌は胃の酸性環境を通る通過を乗り切り、腸のより親切な状態に到達することができます。
