その理由は次のとおりです。
* 同義の突然変異 遺伝子によってコードされるタンパク質のアミノ酸配列を変化させないDNA配列の変化です。これは、遺伝コードが冗長であるため、複数のコドンが同じアミノ酸をコーディングできることを意味します。
* 非同義突然変異 一方、タンパク質の機能と構造を潜在的に変える可能性のあるアミノ酸配列を変更します。
* 挿入と削除 （インデル）はフレームシフトを引き起こす可能性があり、タンパク質配列の大幅な変化をもたらし、広範な再編成を必要とします。
同義の突然変異はタンパク質配列を変化させないため、遺伝子の全体的な構造と機能に最小限の影響を与えます。これにより、異なる種にわたる相同領域のアライメントを混乱させる可能性が低くなります。
したがって、同義の突然変異は、いくつかの関連種に共通する遺伝子の相同領域の再編成を最も必要とするでしょう。
