ただし、いくつかのグループは、従来の分類システムに課題を提示します。
* 原核生物： バクテリアとアルカエアは当初、単一の王国であるモネラに分類されていました。しかし、それらの膨大な多様性とユニークな特性により、2つのドメインへの分離につながりました。 それらの単純な構造と膜結合オルガネラの欠如により、従来の方法を使用して分類するのが難しくなります。
* ウイルス： ウイルスは、細胞構造や独立した代謝など、生命の特徴を欠いているため、生物とは見なされません。それらは生活と非生物の境界に存在し、既存の王国に分類することはできません。
* 極限： 極端な環境（温泉、高酸性、アルカリ性の環境など）で繁栄する生物は、従来の分類システムに挑戦するユニークな適応をしばしば持っています。彼らの極端な条件により、彼らは研究と分類を困難にします。
* ハイブリッド： 異なる種の繁殖に起因する生物は、分類線を曖昧にする可能性があります。彼らの遺伝子構造は、両親の両方の特性を組み合わせて、厳格な分類学的枠組みの中に配置するのが難しくなります。
* 新しく発見された生物： 科学者が新しい生命体を発見し続けているため、既存の分類システムにきちんと適合しない可能性があります。 ユニークな特性を持つ新種の発見は、既存の分類スキームの再評価を強制することができます。
最終的に、生物の分類は継続的なプロセスです。生物学の理解が拡大するにつれて、生物を分類し、既存のシステムを改良する新しい方法を発見するかもしれません。
