主な違いの内訳は次のとおりです。
原核生物：
* 単純なプロモーター構造： 原核生物プロモーターは通常短く、2つの保存された配列、-10ボックス（Pribnowボックス）と-35ボックスが含まれています。
* 転写開始部位に近接してください： これらのボックスは、転写開始部位（約-10および-35塩基の上流）の比較的近くにあり、シンプルで効率的な開始プロセスを可能にします。
* RNAポリメラーゼとの直接的な相互作用： RNAポリメラーゼは、-10および-35ボックスを認識するSigma因子によって促進されるプロモーター領域に直接結合します。この直接的な相互作用により、転写が迅速に開始できます。
真核生物：
* より複雑なプロモーター構造： 真核生物プロモーターはより複雑であり、コアプロモーター（TATAボックス、イニシエーター要素、および下流のプロモーター要素を含む）や上流の調節要素（エンハンサーやサイレンサーなど）を含む、より広範な要素が含まれています。
* 転写開始部位からのさらに距離： 真核生物プロモーターは、転写開始部位からさらに遠く離れて配置できます。
* RNAポリメラーゼとの間接的な相互作用： プロモーターに直接結合する代わりに、真核生物のRNAポリメラーゼIIは、転写を開始するために転写因子（一般的な転写因子）の複合体の集合を必要とします。これらの要因は、コアプロモーター要素に結合し、RNAポリメラーゼIIをリクルートします。
これらの違いが存在する理由：
* 遺伝子調節の複雑さ： 真核生物には、より複雑な遺伝子調節系があり、より幅広い因子と調節メカニズムが含まれます。複雑なプロモーター構造と転写因子の関与により、遺伝子発現に対するより高い制御が可能になります。
* 核区画化： 真核生物では、細胞質内の翻訳から分離された核内で転写が発生します。このコンパートメント化には、真核生物プロモーターの複雑さに反映される遺伝子発現を調節するためのより精巧なメカニズムが必要です。
* クロマチン構造： 真核生物DNAは、DNAおよびタンパク質の複雑な構造であるクロマチンにパッケージ化されます。このパッケージは、転写に対する障壁を提示し、DNAにアクセスするための追加のメカニズムが必要です。これは、複雑なプロモーター構造と転写因子の関与によって部分的に対処されます。
本質的に、プロモーターの構造と位置決めの違いは、原核生物と真核生物が直面する非常に異なる組織的および規制上の課題を反映しています。 真核生物プロモーターは、細胞組織と遺伝子調節の複雑さを処理するように調整されていますが、原核生物プロモーターは、転写機構との効率と直接的な相互作用を優先します。
