チェコの解剖学者であり生理学者であるプルキンエは、生細胞の構造を研究しており、その中にゼリーのような物質を観察していました。彼はこの物質をギリシャ語の「プロトス」（最初）と「プラズマ」（フォーム）から「プロトプラズム」と名付けました。
原生動物の理解は時間とともに進化してきたことに注意することが重要です。 この用語は、現代科学が細胞の複雑な構造と機能をさまざまなオルガネラや分子に分解したため、もはや決定的な科学用語とは見なされません。しかし、「プロトプラズム」は、初期の細胞理論と生命の基本的な要素の理解の歴史的なリマインダーとして依然として機能しています。
