1。形態的比較： これは従来の方法であり、骨構造、臓器系、全体的な体型などの物理的特性を比較しています。大規模な関係には役立ちますが、収束進化（同様の機能が独立して発展する）のために誤解を招く可能性があります。
2。化石の証拠： 化石の記録を調べることで、進化の歴史を明らかにし、膨大なタイムスケールよりも系統をたどることができます。ただし、化石の記録は不完全であり、解釈は主観的です。
3。分子生物学： これは、進化的関係を理解するための最も強力なツールです。比較に焦点を当てています：
* DNA配列： 生物間のDNA配列の類似性を分析すると、祖先が共有されています。シーケンスが類似しているほど、より密接に関連しています。
* タンパク質配列： タンパク質はDNAによってコード化されているため、タンパク質配列（シトクロムCなど）を比較することも、進化的関連性を示しています。
* 遺伝子発現パターン： 遺伝子のオンとオフの分析は、発達経路の類似性と違い、環境への反応を明らかにすることができます。
4。系統解析： これには、形態学的、化石、および分子比較からのデータに基づいて、進化の木（系統）の構築が含まれます。統計的方法は、最も可能性の高い進化的関係を決定するために使用されます。
5。生物地理学： 種の地理的分布を研究することは、彼らの進化的な歴史と潜在的な関係についての手がかりを提供することができます。たとえば、島の種はしばしば共通の祖先を共有しています。
6。行動比較： 交尾の儀式やコミュニケーションパターンなどの共有行動を調べることで、特に動物の進化的関係に関する追加の洞察を提供できます。
7。ゲノミクス： 完全なゲノムの研究により、遺伝物質のより包括的な比較が可能になり、進化的関係をより正確に理解することができます。
これらの方法はしばしば組み合わせて使用されることに注意することが重要です。たとえば、分子データを使用して、形態学的観察に基づいて結論を裏付けたり、挑戦することができます。さらに、新しいテクノロジーとテクニックが常に開発されており、進化的関係の理解をさらに向上させています。
