1。無性生物に適用できない: 生物種の概念は、種を繁殖して肥沃な子孫を生成できる生物のグループとして定義しています。 細菌や一部の植物のような無性生物は、交配せずに繁殖するので、この概念はそれらには当てはまりません。 これらの生物の種の境界を決定するには、遺伝分析などの他の方法が必要です。
2。種のハイブリダイブ化への適用の難しさ: 一部の種は、異なる種と見なされていても、繁殖して肥沃な子孫を生成することができます。 これは植物で一般的であり、一部の動物でも発生します。 たとえば、灰色のオオカミとコヨーテは交配することができ、これらの場合に生物種の概念を適用することが困難になります。このあいまいさは、1つの種がどこで終わり、別の種が始まるかについての意見の相違につながる可能性があります。