スクラーゼの活性部位に収まるには、基質には次の特性が必要です。
* スクロースとの構造的類似性： 基質は、スクロースに対して官能基の同様の形状と配置を持っている必要があります。これは、スクラーゼの活性部位がスクロースに結合するように特異的に設計されているためです。
* グリコシド結合の存在： スクロゼは、スクロース中のグルコースとフルクトースの間のグリコシド結合を特異的に切断します。したがって、基質にはグリコシド結合も必要です。
スクロースはスクラーゼの天然基質ですが、同様の構造を持つ他の二糖類も活性部位に収まりますが、効率の程度は異なります。例えば：
* マルトース： α-1,4グリコシド結合に関連する2つのグルコース分子で構成される二糖。マルトースは、スクラゼによって加水分解できますが、スクロースよりも遅い速度で加水分解できます。
* lactose： β-1,4グリコシド結合で結合したグルコースとガラクトースで構成される二糖。スクラーゼは、乳糖に対する活性が非常に限られています。
ただし、デンプンやセルロースなどのショ糖とは大幅に異なる構造を持つ基質は、スクラーゼの活性部位には適合しません。
要約すると、スクラーゼの活性部位に適合する基質は、スクロースと同様の構造を共有し、グリコシド結合を含む必要があります。
