ただし、一部のタンパク質には、非古典的なシグナル配列がある場合があります またはよく特徴付けられていません 。ここにいくつかの例があります：
* 短い、不十分に定義された信号配列を持つタンパク質： 一部のタンパク質、特にサイトゾルに向けられたタンパク質は、特定が困難な非常に短いまたは定義されていないシグナル配列を持っている可能性があります。
* 内部ターゲティング信号を持つタンパク質： 一部のタンパク質は、N末端ではなく、タンパク質自体内にある内部シグナル配列を持っている場合があります。
* シャペロンを標的とするタンパク質： 一部のタンパク質は、従来の信号シーケンスではなく、護衛として機能するシャペロンタンパク質によって目的地に導かれる場合があります。
タンパク質ターゲティングの理解は絶えず進化していることに注意することが重要です。常に新しいメカニズムと信号シーケンスが発見されています。したがって、すべてのタンパク質が何らかのターゲティング信号を必要とする *必要があると言えますが、その信号の正確な性質は複雑で変化する可能性があります。
したがって、信号配列がまだ完全に理解されていないタンパク質があると言う方が正確です シグナルシーケンスがまったくない を持つタンパク質ではなく 。
