その理由は次のとおりです。
* 遺伝的データに焦点を当てます： 分子系統発生は、生物、特にDNAおよびRNA配列の遺伝的構成を分析します。これらのシーケンスは、変化が時間とともに蓄積するため、進化的関係を直接反映しています。
* 物理的な類似性を超えて： 構造分析は、観察可能な物理的特性に依存しています。ただし、これらは、収束進化（生物が独立して同様の特徴を発達させる生物）またはホモプラシー（異なる進化経路から生じる同様の特徴）のために誤解を招く可能性があります。
* 定量的および目的： 分子データは、数学モデルと統計ツールを使用して分析され、進化的関係の客観的で定量化可能な証拠を提供します。
例：
*シトクロムCオキシダーゼのような遺伝子のDNA配列を研究することは、一見無関係な種間の深い進化的つながりを明らかにすることができます。
*リボソームRNA（RRNA）配列の分析は、構造分析が制限されている原核生物を分類するための一般的な方法です。
分子系統発生は強力なツールですが、制限がないわけではありません。 たとえば、分析の精度は、データの品質と適切なモデルの選択に依存します。しかし、それは進化の歴史の理解を大幅に進歩させ、構造分析に依存するのと比較して、生物分類のためのより堅牢なフレームワークを提供します。
