その理由は次のとおりです。
* ミトコンドリアには独自のDNAがあります： ミトコンドリアDNA（mtDNA）は、細菌DNAと同様の円形分子です。細胞の核内の核DNAとは別です。
* ミトコンドリアには独自のリボソームがあります： ミトコンドリアは、真核リボソームよりも細菌リボソームに似たリボソームを持っています。
* ミトコンドリアは独立して再現します： ミトコンドリアは、細菌と同様に、バイナリ核分裂を通して自分自身を複製することができます。
内共生理論は、先祖の真核細胞が細菌を飲み込んだことを示唆しており、それは今日私たちが知っているミトコンドリアに進化しました。細菌は独自のDNAとその機能の一部を保持し、真核細胞の重要な部分になりました。これが、ミトコンドリアに独自のDNAを持ち、細胞呼吸などの重要な機能を実行し続けている理由です。
簡単な類推は次のとおりです。家の中に小さな工場（ミトコンドリア）があると想像してください（真核細胞）。この工場には、独自の製品を作成するための独自の青写真（mtDNA）と労働者（リボソーム）があります。工場をスムーズに稼働させ続けるために、それ自体を複製することもできます。
