なぜそれらが生きているものを比較するために使用される理由：
* 普遍性： DNA、RNA、およびタンパク質は、私たちが知っているように、生命の基本です。すべての生物は、これらの分子を使用して遺伝情報を保存し、それを機能的なタンパク質に翻訳し、重要なライフプロセスを実行します。
* 進化的接続： これらの分子の類似性と違いは、種間の進化的関係を理解するための強力なツールを提供します。時間が経つにつれて、変異はDNAに蓄積し、対応するRNAとタンパク質を変化させます。これらの変化を分析することにより、進化の系統を追跡し、異なる種がどれほど密接に関連しているかを判断できます。
* 分子時計： DNA、RNA、およびタンパク質で突然変異が発生する速度は、「分子時計」として使用して、2つの種が共通の祖先から分岐してからの時間を推定できます。
ただし、この原則にはいくつかの例外と拡張があります：
* 古代DNA： 科学者は、古代の化石からDNAを抽出して分析することがあり、絶滅した生物とその進化的関係に関する洞察を与えることができます。これは、DNAが特定の条件下で驚くほど長い間持続できるため可能です。
* ウイルス比較： ウイルスは、いくつかの定義では技術的には「生きている」わけではありませんが、遺伝物質（DNAまたはRNA）も含まれており、互いに、さらには宿主と比較できます。これは、ウイルスの進化と、それらが環境とどのように相互作用するかを理解するのに役立ちます。
* タンパク質構造分析： タンパク質の構造は、基礎となるDNAまたはRNA配列が利用できない場合でも、類似点と違いを明らかにすることができます。このアプローチは、たとえその遺伝的情報が知られていなくても、異なる生物のタンパク質を比較するのに特に役立ちます。
要約：
DNA、RNA、およびタンパク質は、進化における普遍的な性質と役割のために生物を比較するために主に使用されますが、遺伝物質に直接頼らずに絶滅した生物、ウイルス、さらにはタンパク質構造を研究できるいくつかの例外と拡張があります。
