* 炭素の存在： 有機分子は、炭素を含む分子として定義されます。タンパク質はアミノ酸から作られており、すべてがアミノ基に結合した中心炭素原子、カルボキシル基、水素原子、および側鎖（Rグループ）に結合しています。この炭素骨格は、タンパク質の構造と機能に不可欠です。
* 水素の存在： タンパク質は、ほとんどの有機分子と同様に、水素原子も含まれています。これらの水素原子は、タンパク質の折り畳みと安定性に重要な役割を果たす水素結合を含むタンパク質分子内のさまざまな結合に関与しています。
* 複雑な構造： 有機分子は、さまざまな方法で複数の原子が結合した複雑な構造を持つ傾向があります。タンパク質は、この複雑さの優れた例です。 それらはペプチド結合に関連するアミノ酸の長い鎖であり、その構造は非常に複雑で、異なるレベルの組織（一次、二次、三次、四級構造）があります。
* 生物学的起源： 有機物であるための厳格な要件ではありませんが、タンパク質は主に生物によって生成されます。それらはすべての生細胞の重要なコンポーネントであり、膨大な範囲の機能を実行します。
対照的に、無機分子は一般に炭素を欠いており（二酸化炭素のようないくつかの例外を除く）、より単純な構造を持っています。例には、水（H₂O）、塩（NaCl）、および鉱物が含まれます。
したがって、炭素、水素、複雑な構造、および生物学的起源の存在に基づいて、タンパク質は有機分子と見なされます。
