1。種の普遍的な定義の欠如：
* 生物学的種の概念： 生殖の分離に依存しているこの概念は、細菌と古細菌にとってほとんど無関係です。彼らは無性に繁殖し、遺伝物質を水平に交換することができ、生殖の分離に基づいて異なる種を定義することは困難です。
* 形態学的種の概念： 一部の細菌と古細菌には明確な形態（形状）がありますが、多くは非常に類似しており、形態学的識別は信頼できません。
2。高い水平遺伝子導入：
*細菌と古細菌は、共役、変換、形質導入などのプロセスを通じて遺伝物質を頻繁に交換します。この水平遺伝子移動は、遺伝子を無関係な生物間で交換できるため、種間の株を曖昧にする可能性があります。
3。急速な進化：
*細菌と古細菌は、その短い発電時間と高い突然変異率のために非常に迅速に進化します。この急速な進化により、種間の安定した明確な区別を確立することが困難になります。
4。限られた表現型の多様性：
*多くの細菌と古細菌は、同様の代謝経路と生理学的特性を共有しており、観察可能な特性に基づいてそれらを区別することを困難にしています。
5。培養の難しさ：
*細菌と古細菌の大部分は、実験室で培養することはできません。これにより、生理学、遺伝学、および環境との相互作用を研究することが困難になり、分類の取り組みが妨げられます。
6。 「種」内のゲノム変動：
*単一の「種」内であっても、重要なゲノム変動がある可能性があり、異なる種を構成するものの明確なカットオフを定義することが困難です。
7。継続的な研究と分類の変更：
*細菌と古細菌の分類は、新しい研究がその多様性と関係に関する洞察を提供するため、常に進化しています。 全ゲノムシーケンスのような新しいテクノロジーは、フィールドに革命をもたらし、既存の分類の改訂につながります。
種レベルのみに頼る代わりに、科学者はしばしば使用します：
* 系統分類： リボソームRNA配列を比較することによってしばしば決定される進化的関係に基づいています。
* 運用分類単位（OTU）： 生態学的研究の共有遺伝的特性に基づいた生物のグループ化。
* ひずみレベル： 種内のユニークな遺伝的または表現型特性を持つ特定の株に焦点を当てる。
全体として、細菌と古細菌の分類は複雑で継続的なプロセスです。 単一の「最良の」方法はありません。これらの微生物の広大な多様性を理解するためには、複数のアプローチの使用が必要です。
