メタノールの分子間結合は水素結合です。水素結合は、高強性原子（酸素、窒素、フッ素など）と別の電気陰性原子に結合する水素原子との間で発生する双極子双極子相互作用です。メタノールの場合、ヒドロキシル基の水素原子は、水素原子に部分的な正電荷を生成する高電気陰性酸素原子に結合されます。この部分的な正電荷は、近くのメタノール分子の別の酸素原子の部分的な負電荷と相互作用し、水素結合を形成します。