IO4イオンでは、ヨウ素原子は4つの酸素原子に囲まれており、四面体構造を形成しています。ヨウ素原子と各酸素原子の間の結合角は109.5度です。この角度は、ヨウ素原子から4つの酸素原子への4つの等価結合を持つイオンの四面体の形状と一致しています。
