* 水環境： タンパク質は、細胞の水性環境に存在します。水分子は極性であり、互いに水素結合を形成します。炭化水素のような非極性分子は、これらの水素結合を破壊し、水性環境で好ましくない。
* 混乱を最小限に抑える： この破壊を最小限に抑えるために、非極性分子は一緒に集まって、水分子を押しのける傾向があります。これは疎水性効果として知られています 。
* バインディングサイト： タンパク質には、多くの場合、小分子に対応するように設計された結合部位と呼ばれるポケットまたは裂け目があります。 これらの結合部位には、しばしば非極性アミノ酸（バリン、ロイシン、イソロイシン、フェニルアラニンなど）が並んでいます。結合部位内のこの疎水性環境は、非極性小分子との相互作用を支持します。
* 好ましい相互作用： 疎水性相互作用はイオン結合や水素結合ほど強力ではありませんが、結合安定性に大きく貢献しています。疎水性効果は、結合プロセスの全体的な自由エネルギーの変化に寄与し、相互作用を好むようにします。
その他の要因：
* 形状相補性： 小分子と結合部位の形状は、結合を成功させるために相補的でなければなりません。
* 静電相互作用： 疎水性相互作用よりも支配的ではありませんが、静電相互作用（イオン結合、水素結合）も、特に複合体の初期相互作用と微調整の形成において、役割を果たします。
* van der Waals Force： これらの弱い短距離の力は、相互作用の全体的な安定性に寄与します。
要約：
疎水性相互作用は、タンパク質の疎水性結合部位内で非極性分子の関連を駆動し、好ましい結合と安定した複合体につながるため、小分子タンパク質相互作用では重要です。他の相互作用は寄与しますが、タンパク質が機能する水性環境のために、疎水性相互作用がしばしば支配的です。
