主な違い エクソームとトランスクリプトームの違いは、エクソームがゲノム内のタンパク質をコードする遺伝子のすべてのエクソンの完全な配列であるのに対し、トランスクリプトームはタンパク質をコードする遺伝子に由来するメッセンジャー RNA 分子の集まりであるということです。 さらに、エクソームは全ゲノム シーケンスの 1 ～ 2% をカバーしますが、トランスクリプトームは細胞の全 RNA の 4% 未満を占めます。
エクソームとトランスクリプトームは、ゲノム内のタンパク質をコードする遺伝子の 2 つの配列の集まりです。どちらも、ゲノム研究や疾患診断にさまざまな用途があります。
対象となる主な分野
1.エクソームとは
– 定義、事実、テクニック
2.トランスクリプトームとは
– 定義、事実、テクニック
3.エクソームとトランスクリプトームの類似点
– 共通機能の概要
4.エクソームとトランスクリプトームの違いは何ですか
– 主な相違点の比較
主な用語
エクソン、エクソーム、mRNA、タンパク質コード遺伝子、トランスクリプトーム
エクソームとは
エクソームは、特定の生物のゲノムのタンパク質をコードする遺伝子のエクソンの集まりです。ゲノムのコード配列は遺伝子にクラスター化されており、タンパク質または RNA をコードすることができます。原核生物のゲノムでは、コード配列は他の配列によって中断されませんが、真核生物のゲノムでは、遺伝子のコード配列はイントロンと呼ばれる非コード配列によって中断されます。したがって、クラスター化されたコード配列はエクソンと呼ばれます。
図 1:エクソンとイントロン
タンパク質をコードする遺伝子では、転写中に RNA ポリメラーゼがイントロンとエクソンを前駆体 mRNA に転写します。組み込まれたイントロンは、次の転写後修飾中に削除されます。エクソームの研究で使用される主な技術は、全エクソーム シーケンス (WES) です。 WES は、特定のゲノムの断片化された DNA のハイブリダイゼーションに関与して、標的 DNA 配列を特定し、その後配列決定を行います。
トランスクリプトームとは
トランスクリプトームは、細胞内で発現する mRNA の全セットです。それは、細胞の全 RNA の 4% 未満を占めます。トランスクリプトームはプロテオームの組成を特定するため、その特定の細胞の生化学的能力を決定します。また、特定の細胞のトランスクリプトームは合成できず、細胞分裂中に常に親細胞から娘細胞にもたらされます。したがって、RNA を生成するプロセスである転写は、トランスクリプトームを維持するためのステップです。
図 2:多能性細胞のトランスクリプトーム
一方、各細胞にはその種のトランスクリプトーム全体を生成するための情報が含まれていますが、細胞内で発現する遺伝子は環境要因にも依存します。トランスクリプトームの研究で使用される 2 つの主要な技術は、マイクロ アレイと RNA シーケンスです。
エクソームとトランスクリプトームの類似点
- エクソームとトランスクリプトームは、ゲノムに見られる 2 つのセットのヌクレオチド配列です。
- どちらも、タンパク質をコードする遺伝子の情報に関連付けられています。
- それらはエクソンで構成されています。
エクソームとトランスクリプトームの違い
定義
エクソームはエクソンで構成されるゲノムの一部を指し、トランスクリプトームは遺伝子で発現するすべてのメッセンジャー RNA 分子の合計を指します。生命体。したがって、エクソームとトランスクリプトームの主な違いは、この定義から自明です。
意義
したがって、エクソームはタンパク質をコードする遺伝子のエクソンの全セットであり、トランスクリプトームは細胞内で発現する mRNA の全セットです。
DNA または RNA
また、エクソームは DNA で構成され、トランスクリプトームは RNA で構成されています。
金額
エクソームは全ゲノムの 1～2% を表し、トランスクリプトームは細胞の全 RNA の 4% 未満を表します。
レベル
エクソームとトランスクリプトームのもう1つの違いは、エクソームがゲノムレベルにあり、トランスクリプトームが転写レベルにあることです。
テクニック
さらに、全エクソーム配列決定は、マイクロアレイと RNA-seq がトランスクリプトームを決定する一方で、エクソームを決定する技術です。
結論
エクソームは、ゲノムの WES によって決定されるゲノム内のエクソンのセット全体です。したがって、エクソームは DNA ベースの概念です。しかし、トランスクリプトームは、細胞の mRNA のセット全体であるため、RNA ベースの概念です。エクソームとトランスクリプトームの主な違いは、その概念です。
参照:
1.ウォー、アマンダら。 「エクソーム配列決定：現在および将来の展望」。 G3:遺伝子|ゲノム|遺伝学 5.8 (2015):1543–1550. PMC。ウェブ。 2018 年 9 月 6 日。ここから入手可能
2.ブラウンTA.ゲノム。第2版。オックスフォード：ワイリーリス。 2002. 第 3 章、トランスクリプトームとプロテオーム。ここで利用可能
画像提供:
1. National Human Genome Research Institute による「DNA エクソン イントロン」 – (パブリック ドメイン) Commons Wikimedia 経由
2. 「多能性細胞のトランスクリプトーム」Grskovic、M. および Ramalho-Santos、M. 著、多能性トランスクリプトーム (2008 年 10 月 10 日)、StemBook、ed。幹細胞研究コミュニティ、StemBook、doi/10.3824/stembook.1.24.1、http://www.stembook.org。 – [1] DirectStemBook 図 2 多能性細胞のトランスクリプトーム.Grskovic, M. and Ramalho-Santos, M., The pluripotenttranscriptome (2008 年 10 月 10 日), StemBook, ed.幹細胞研究コミュニティ、StemBook、doi/10.3824/stembook.1.24.1、http://www.stembook.org。 (CC BY 3.0) コモンズ ウィキメディア経由
