結核菌は、すべての細菌と同様に、タンパク質分解を採用して、不必要な、誤って折り畳まれた、損傷したタンパク質とペプチドを塩基性分子ビルディングブロック（アミノ酸）に分解します。 2つの必須タンパク質分解システム（ATP依存性プロテアーゼと呼ばれる）があります：CLPPプロテアーゼとLONプロテアーゼ。それぞれが、細菌タンパク質の品質コントロールとM.結核の病原性制御において重要かつ十分に特徴付けられた役割を果たします。