コドンの認識は、リボソームと呼ばれる構造によって実行されます。リボソームは、RNAとタンパク質成分で構成される大規模な分子機械です。それらはすべての生細胞に見られ、タンパク質合成の部位として機能します。
タンパク質合成中、リボソームはRNA分子のコドンの配列を読み取り、この情報を使用して、どのアミノ酸を増加するタンパク質鎖に加えるべきかを判断します。各コドンは、対応するアミノ酸を運ぶ特定の伝達RNA（TRNA）分子によって認識されます。 tRNA分子はリボソームに結合し、そのアミノ酸を成長するタンパク質鎖に供給します。
さまざまなシーケンスで異なるコドンを組み合わせることにより、RNAの4つの塩基は、20種類のアミノ酸を使用してタンパク質を構築するための指示を提供できます。これにより、細胞構造と機能に不可欠なさまざまなタンパク質の合成が可能になります。
