ミトコンドリアのサイズは、細胞型と生物によって異なりますが、通常、直径0.75〜3マイクロメートルの範囲です。言い換えれば、それらは非常に小さく、おおよそ細菌のサイズです。ミトコンドリアはしばしば豆の形または楕円形として説明されますが、球体やロッドなどの他の形状を持つこともできます。