酵母（Saccharomyces cerevisiae）： これは、発酵、特にアルコール発酵を研究するための古典的なモデル生物です。ベーキング、醸造、ワイン造りに使用されています。
細菌： さまざまな種類の細菌が、次のようなさまざまな種類の発酵に関与しています。
* lactobacillus： ヨーグルト、チーズ、ザワークラウトの生産に重要な乳酸を生成します。
* Streptococcus： また、乳製品といくつかの肉発酵で使用される乳酸も生成します。
* 大腸菌（大腸菌）： 通常、食物発酵には使用されていませんが、大腸菌は発酵の分子メカニズムを研究するために研究で使用されるモデル生物です。
他の生物：
* Zymomonas Mobilis： 砂糖に効率的にエタノールを発酵させる細菌は、バイオ燃料生産の潜在的な候補となっています。
* clostridium acetobutylicum： この細菌は、アセトン、ブタノール、およびエタノールを生成するために産業発酵に使用されます。
生物の選択は、研究されている特定のタイプの発酵と研究目標に依存します。たとえば、乳酸の産生の研究に興味がある場合は、乳酸菌または連鎖球菌を使用する場合があります。アルコール発酵の遺伝学を理解することに興味があるなら、酵母（S. cerevisiae）が良い選択です。
