1。分子技術：
* 直接シーケンス： DNAは、環境サンプル（土壌、水など）から直接抽出し、配列決定できます。これにより、研究者は、研究室で栽培できなくても、存在する種を特定できます。
* PCR（ポリメラーゼ連鎖反応）： 特定のDNA配列は、PCRを使用して環境サンプルから増幅し、特定の細菌の検出と同定を可能にします。
* メタゲノミクス： 環境サンプルからの遺伝物質（DNA）全体（DNA）がシーケンスされ、存在するすべての細菌種の同定が可能になります。
* metatranscriptomics： この手法は、環境サンプルに存在するRNAを分析し、細菌によって積極的に発現されている遺伝子に関する情報を提供し、その機能と相互作用に関する洞察を提供します。
2。顕微鏡技術：
* 蛍光in situハイブリダイゼーション（FISH）： 特定のDNA配列に結合する蛍光プローブは、自然環境内の細菌を視覚化するために使用されます。この手法により、研究者はそれらを培養する必要なく、特定の細菌を特定して定量化することができます。
* 電子顕微鏡（EM）： EMは、細菌の高解像度画像を提供し、その形態と構造的特徴を明らかにします。 EMは種を直接識別することはできませんが、その外観に基づいて細菌を分類するのに役立ちます。
3。機能アッセイ：
* 同位体標識： 安定した同位体（13Cまたは15Nなど）を使用して、環境サンプル内の細菌の代謝を追跡します。これにより、研究者は、たとえ培養できなくても、生態系における細菌の機能的役割を研究することができます。
4。濃縮培養：
* 特定の環境のシミュレーション： 環境条件は、特定の細菌の成長を支持するためにラボでシミュレートされています。この方法には完全な培養は含まれませんが、特定の細菌の個体群を豊かにすることができ、研究を容易にします。
5。共同文化技術：
* 他の生物とともに成長する： 一部の細菌は、成長するために他の生物の存在を必要とします。既知の種と共同培養することにより、研究者は、以前は耕作不能な細菌をうまく栽培することができます。
これらの方法にはそれぞれ強みと制限があることに注意することが重要です。 多くの場合、アプローチの組み合わせが使用され、特定の環境に存在する細菌をより包括的に理解することができます。
