その理由は次のとおりです。
* グラム陽性細菌 細胞壁に厚いペプチドグリカン層があります。この層は、染色プロセス中にクリスタルバイオレット染料を閉じ込め、ヨウ素と複合体を形成します。この複合体は大きく、アルコールで除去するのが困難であるため、細菌は紫色のままです。
* グラム陰性菌 より薄いペプチドグリカン層とリポ多糖（LPS）を含む外膜を持っています。染色プロセスで使用されるアルコールは、外膜を溶解し、クリスタルバイオレット - ヨウ素錯体を洗い流し、細菌を無色にします。その後、彼らは対比染色（サフラニン）を取り上げ、ピンクに見えます。
したがって、細胞壁の構造と組成の違いは、グラム染色結果の重要な決定要因です。
