オープンリーディングフレーム(ORF)は、タンパク質に変換できるDNAまたはRNAのシーケンスです。特徴付けられます:
1。コドンを開始: ORFは、通常AUG(メチオニン)、スタートコドンから始まります。
2。停止コドン: ORFは、通常はUAA、UAG、またはUGA、停止コドンで終わります。
3。連続コーディングシーケンス: 開始コドンと停止コドンの間のシーケンスは、タンパク質に翻訳できる連続的なコドンです。
4。読み取りフレーム: ORFは特定の読み取りフレームで読み取られます。つまり、コドンは3つのヌクレオチドのセットにグループ化されています。
ORFSの重要性:
* タンパク質合成: ORFは、タンパク質合成に必要な遺伝情報を提供します。
* 遺伝子識別: ORFを識別することは、遺伝子予測と注釈の重要なステップです。
* 機能分析: ORFの分析は、遺伝子の機能を決定するのに役立ちます。
* 進化研究: ORFは、生物間の進化的関係を理解する上で役割を果たします。
ORFSの検索:
ORFは通常、次の機能を検索するバイオインフォマティックツールを使用して識別されます。
* コドンを開始および停止
* コーディングシーケンス長
* 既知の遺伝子とのシーケンス相同性
例:
`` `
... atggtgcaaggttacgtgtgtag ...
`` `
このシーケンスでは、ORFは次のとおりです。
* codonを開始: 8月
* 停止コドン: uag
* コーディングシーケンス: atggtgcaaggttacgtgt
注:
*すべてのORFがタンパク質に翻訳されているわけではありません。一部のORFは非コードである場合があるか、タンパク質非タンパク質コードRNAにエンコードする場合があります。
* ORFの長さと配列は、遺伝子間で大きく異なる場合があります。
* ORFの概念は、遺伝子発現とタンパク質機能を理解するために不可欠です。