1。 エドマンの劣化：
* 原則： これは、ポリペプチド鎖のN末端からアミノ酸を順次除去および識別する古典的な方法です。
* プロセス： N末端のアミノ酸は、試薬（フェニルイソチオシアン酸）で標識され、切断され、同定されます。このプロセスは、次のアミノ酸などを明らかにするために繰り返されます。
* 利点： 短いシーケンスを決定するのは非常に正確です。
* 制限： 長いシーケンス（通常は〜50アミノ酸に限定されている）には適しておらず、修飾または異常なアミノ酸によって妨げられる可能性があります。
2。 質量分析（MS）：
* 原則： MSは、質量対電荷比（m/z）に基づいてイオンを分離します。
* プロセス：
* ペプチドマッピング： 酵素は、特定の酵素（トリプシンなど）を使用して小さなペプチドに消化されます。
* 質量分析： ペプチドはMSによって分析され、その質量に関する情報を提供します。
* シーケンスデータベース検索： 質量は、既知のペプチド配列のデータベースと比較され、ペプチドとそのアミノ酸配列を識別します。
* 利点： 非常に敏感で、複雑な混合物を処理することができ、翻訳後の修正に関する情報を提供します。
* 制限： 正確な質量測定と信頼できるシーケンスデータベースが必要です。
3。 DNAシーケンス：
* 原則： この方法は、酵素をコードする遺伝子のヌクレオチドの配列を決定します。
* プロセス： 遺伝子は、さまざまな手法（サンガーシーケンス、次世代シーケンスなど）を使用して分離およびシーケンスされています。
* 利点： 突然変異やバリエーションを含む遺伝子の完全な配列を提供します。
* 制限： DNAからタンパク質への翻訳が必要であるため、タンパク質配列を直接提供しません。
4。 組み合わせ方法：
*多くの場合、これらの方法の組み合わせは、一次構造を完全かつ正確に決定するために使用されます。
*たとえば、Edmanの劣化を使用してN末端配列を確認することができますが、MS分析はペプチド配列全体に関する情報を提供します。
追加の考慮事項：
* 翻訳後修飾： 一次構造は、翻訳後にさらに変更できます。これらの修飾（例：リン酸化、グリコシル化）は、酵素の機能にとって重要であり、特定の手法を使用して決定されることがよくあります。
* 同位体： 安定した同位体標識を使用して、酵素内の特定のアミノ酸の起源（食事や代謝経路など）を特定することができます。
一次構造を決定することは、酵素の機能を理解するための最初のステップにすぎないことを忘れないでください。その3D構造（三次構造）と他の分子との相互作用も重要です。
