* ミトコンドリア： これらのオルガネラは、細胞呼吸とエネルギー生産の原因です。彼らは、ミトコンドリア機能に関与する遺伝子を含むミトコンドリアDNA（mtDNA）として知られる独自のDNAを持っています。
* 葉緑体： これらのオルガネラは植物細胞に見られ、光合成の原因です。また、光合成に関与する遺伝子を含む葉緑体DNA（CpDNA）として知られる独自のDNAもあります。
これらは独自の遺伝子を含む主要なオルガネラですが、次のような他のオルガネラに存在する遺伝子の可能性を探る継続的な研究があります。
* 核小体： これらは、リボソーム合成に関与する核内の構造です。独自のDNAを持っていませんが、核小体内に転写されるリボソームRNA遺伝子が含まれています。
* ペルオキシソーム： これらのオルガネラは、さまざまな代謝プロセスで役割を果たします。いくつかの証拠は、ペルオキシソーム内の小さな独立したDNA分子の存在を示唆していますが、これはまだ調査中です。
真核細胞の遺伝子の大部分は、染色体内の核内に見られることに注意することが重要です。ミトコンドリアと葉緑体の遺伝子は、細胞の総遺伝物質のごく一部です。
