経験式でもある分子式は、同じ要素のすべての原子が同じ方法で結合される化合物を表します。例には、メタン（Ch₄）と水（H₂O）が含まれます。この場合、すべての炭素原子が4つの水素原子に結合され、すべての水素原子がそれぞれ1つの酸素原子に結合されます。対照的に、異なる分子式を持つ化合物が同じ経験的式が異性体と呼ばれます。たとえば、エタノール（C₂H₆O）とジメチルエーテル（C₂H₆O）の両方が同じ経験式（Ch₃O）を持っていますが、異なる分子構造と特性を持っています。