具体的には、水素結合は以下の間で形成されます。
* 1つのアミノ酸のカルボニル酸素（C =O） 別のアミノ酸のアミノ水素（N-H） 、これはシーケンスでいくつかのアミノ酸を離れている可能性があります。
これらの水素結合は個別に弱くなっていますが、ポリペプチド鎖の長いストレッチにおけるそれらの累積効果は非常に強力であり、2つの一般的な二次構造の形成を指示することができます。
* アルファヘリックス： 4番目のアミノ酸ごとの水素結合によって形成されるスパイラル形状。
* ベータシート： 隣接するポリペプチド鎖間の水素結合によって形成された平らなプリーツシート。
水素結合は二次構造を形成する主力ですが、疎水性相互作用のような他の相互作用もこれらの構造の安定化に寄与する可能性があります。
