BLASTとFASTAの違い

主な違い – BLAST と FASTA

BLAST と FASTA は、過剰な配列類似性に基づいて相同な DNA 配列とタンパク質を識別する 2 つの類似性検索プログラムです。 2 つの DNA またはアミノ酸配列間の過剰な類似性は、共通の祖先相同性により生じます。最も効果的な類似性検索は、DNA 配列ではなく、タンパク質のアミノ酸配列の比較です。 BLAST と FASTA はどちらも、2 つの配列を比較し、配列間の類似性に関する非常に正確な統計的推定を提供するためにスコアリング戦略を使用します。 主な違い BLAST と FASTA の違いは、BLAST は主にギャップのない、局所的に最適な配列アラインメントの発見に関与していることです。 一方、 FASTA は類似性の低い配列間の類似性を見つけることに関与しています。

対象となる主な分野

1. ブラストとは
– 定義、プログラム、用途
2. FASTA とは
– 定義、プログラム、用途
3. BLAST と FASTA の類似点は何ですか
– 共通機能
4. BLAST と FASTA の違いは何ですか
– 主な違いの比較

重要な用語:BLAST、FASTA、DNA、ヌクレオチド、タンパク質、アミノ酸、相同性、類似性、期待値

BLAST とは

BLAST は Basic Local Alignment Search Tool の略です .これは、クエリー シーケンスと National Center for Biotechnology Information (NCBI) Web サイトに寄託されたシーケンスとの間の類似性を検索します。照会配列中の推定遺伝子は、寄託された配列の配列相同性に基づいて検出することができる。 BLAST は、2 つの配列間で局所的に類似している領域をすばやく特定できるため、バイオインフォマティクス ツールとして人気があります。 BLAST は、2 つのシーケンス間の一致数を推定する期待値を計算します。シーケンスのローカル アラインメントを使用します。 NCBI BLAST ウェブ インターフェースは ここにあります。

図 1:NCBI BLAST Web インターフェイス

さまざまな BLAST 検索

FASTA とは

FASTA は、DNA とタンパク質の配列間の類似性を検索するために使用されるもう 1 つの配列アラインメント ツールです。クエリ配列は、k-タプルとして知られる配列パターンまたは単語に分解され、2 つの間の類似性を見つけるために、これらの k-タプルについてターゲット配列が検索されます。 FASTA は、類似性検索のための優れたツールです。配列の類似性を見つける場合、検索を実行する最良の方法は、最初に BLAST 検索を実行し、次に FASTA に移動することです。 FASTA ファイル形式は、BLAST などの他の配列アラインメント ツールの入力方法として広く使用されています。欧州バイオインフォマティクス研究所 (EBI) で利用できる FASTA の Web インターフェイスは、ここにあります。

図 2:FASTA Web インターフェイス

FASTA プログラム

BLAST と FASTA の類似点

• BLAST と FASTA は、DNA およびタンパク質配列を既存の DNA およびタンパク質データベースと比較する機能を提供する 2 つの配列比較プログラムです。

• BLAST と FASTA はどちらも高速で高精度のバイオインフォマティクス ツールです。

• どちらもペアワイズ シーケンス アラインメントを使用します。

BLAST と FASTA の違い

定義

ブラスト: BLAST は、ヌクレオチド配列やアミノ酸配列などの主要な生物学的配列情報を比較するためのアルゴリズムです。

ファスタ: FASTA は、DNA およびタンパク質配列アラインメント ソフトウェア パッケージです。

の略

ブラスト: BLAST は Basic Local Alignment Search Tool の略です。

ファスタ: FASTA は「fast-all」または「FastA」の略です。

グローバル/ローカル連携

ブラスト: BLAST はローカル シーケンス アラインメントを使用します。

ファスタ: FASTA は最初にローカル シーケンス アラインメントを使用し、次に類似性検索をグローバル アラインメントに拡張します。

ローカル シーケンス アラインメント

ブラスト: BLAST は、2 つの配列の個々の残基を比較することにより、ローカル アラインメントの類似性を検索します。

ファスタ: FASTA は、配列パターンまたは単語を比較することにより、ローカル アラインメントの類似点を検索します。

検索の種類

ブラスト: BLAST は、密接に一致する配列または局所的に最適な配列での類似性検索に適しています。

ファスタ: FASTA は、類似性の低い配列での類似性検索に適しています。

仕事の種類

ブラスト: BLAST はタンパク質検索に最適です。

ファスタ: FASTA はヌクレオチド検索に最適です。

クエリ シーケンスのギャップ

ブラスト: BLAST では、クエリとターゲット シーケンス間のギャップは許可されません。

ファスタ: FASTA では、ギャップが許容されます。

感度

ブラスト: BLAST は機密性の高いバイオインフォマティクス ツールです。

ファスタ: FASTA は BLAST よりも感度が高いです。

スピード

ブラスト: BLAST は FASTA よりも高速です。

ファスタ: FASTA は、BLAST と比較すると高速ではありません。

開発者

ブラスト: BLAST は、1990 年に国立衛生研究所の Stephen Altschul、Webb Miller、Warren Gish、Eugene Myers、および David J. Lipman によって設計されました。

ファスタ: FASTA は、1985 年に David J. Lipman と William R. Pearson によって開発されました。

意義

ブラスト: 現在、BLAST は類似性検索に最も広く使用されているバイオインフォマティクス ツールです。

ファスタ: FASTA の遺産は FASTA 形式であり、現在ではバイオインフォマティクスで広く使用されています。

結論

BLAST と FASTA は、バイオインフォマティクスで DNA またはタンパク質配列間の類似性を検索するために使用される 2 つのペアワイズ配列アラインメント ツールです。 BLAST は、ヌクレオチドおよびアミノ酸配列のローカル アラインメントに最も広く使用されているツールです。 FASTA は、配列パターンまたは単語を使用した優れた類似性検索ツールです。類似度の低い配列間の類似性検索に最適です。 BLAST と FASTA の主な違いは、各ツールで使用される類似検索戦略にあります。

参照:

1.マッデン、トーマス。 「BLAST配列解析ツール」 NCBI ハンドブック [インターネット]。第 2 版。国立医学図書館、2013 年 3 月 15 日。 2017 年 6 月 9 日.
2. 「FASTAを使用したペアワイズ配列アラインメント。」アムリタ・ヴィシュワ・ヴィディアピータム大学。 N.p.、n.d.ウェブ。こちらから入手できます。 2017 年 6 月 9 日。

画像提供:

1.BLAST公式サイト
2.FASTA公式サイト